Τα gui tools είναι ένα πρόγραμμα μόνο για την διαχείριση της mysql, αντίστοιχο του phpmyadmin.
Δεν πιστεύω να δημιουργηθεί κάποιο conflict μεταξύ τους, μπορείς να εγκαταστήσεις και τα 2 και να δεις πιο σου αρέσει πιο πολύ να χρησιμοποιείς.